A Federação das APAEs do Estado de Mato Grosso do Sul nasceu no dia 17 de março de 1995, através de uma Assembléia Geral, com a participação do então presidente da Federação Nacional das Apaes, Flávio Arns e da presidente da Fundação de Promoção Social de Mato Grosso do Sul, a artista plástica e escritora Nely Martins, elegendo como primeira presidente a profa. Fabiana Maria das Graças Soares Oliveira.
Sucedendo-a por 4 anos consecutivos, a especialista em educação especial e diretora da APAE de São Gabriel do Oeste – MS, profa. Claise Kleemann. No período de 2003 a 2005, foi a vez do Farmacêutico-Bioquímico e Professor Universitário Antônio de Almeida Lira, que destacou com a realização do I Congresso Estadual das APAEs e os Seminários Descentralizados em oito regiões, com objetivo de atualizar os profissionais que prestam serviços nas entidades apaeanas. Em parceira com APAE de Campo Grande – MS, realizou o 1º Congresso das Famílias Apaeanas do Estado e os 1º e 2º Fórum Estadual dos Autodefensores.
Assumindo no dia 01 de janeiro de 2006, a presidência da Federação Estadual o pecuarista, homem do campo, com uma bagagem imensa de trabalhos prestados em prol do movimento apaeano sul-mato-grossense, Harley Ferreira Silvério.
Em sua gestão, a Federação tem dado continuidade nos encontros estaduais de capacitação e atualização dos profissionais que prestam serviços nas suas unidades, participando de reuniões com entidades co-irmãs e representantes governamentais para discussão da cidadania e inclusão social da Pessoa com Deficiência.
Graças aos valorosos presidentes que tivemos no passado, hoje a Federação já se consolidou e se faz presente com participação efetiva nos Conselhos Estaduais da Pessoa Portadora de deficiência do Estado de Mato Grosso do Sul – CONSEP/MS, Conselho Estadual de Assistência Social e nos Fóruns.
A implantação e/ou implementação de Projetos de Auto-Sustentabilidade, iniciada na gestão do professor Antônio de Almeida Lira, tem sido um debate constante do atual Presidente Harley Ferreira Silvério.